| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
08/01/2014 |
|
Data da última atualização: |
08/01/2014 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
|
Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, CAPES; DAVID POT, CIRAD; ALEXIS DEREEPER, IRD; STÉPHANIE POINTET, CIRAD; JOÃO BATISTA GONÇALVES DIAS DA SILVA, COCARI; GUSTAVO HIROSHI SERA, IAPAR; TUMORU SERA, IAPAR; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
|
Título: |
Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. |
|
Ano de publicação: |
2013 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação. MenosOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriorme... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Etiópia; SNPs. |
|
Thesagro: |
Coffea arabica; Polimorfismo. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94857/1/Identificacao-de-polimorfismos.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03496nam a2200277 a 4500
001 1975219
005 2014-01-08
008 2013 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aYUYAMA, P. M.
245 $aIdentificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia.$h[electronic resource]
260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café$c2013
520 $aOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação.
650 $aCoffea arabica
650 $aPolimorfismo
653 $aEtiópia
653 $aSNPs
700 1 $aPOT, D.
700 1 $aDEREEPER, A.
700 1 $aPOINTET, S.
700 1 $aSILVA, J. B. G. D. da
700 1 $aSERA, G. H.
700 1 $aSERA, T.
700 1 $aCHARMETANT, P.
700 1 $aDOMINGUES, D. S.
700 1 $aLEROY, T.
700 1 $aPEREIRA, L. F. P.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 22 | |
| 1. |  | CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; MOUEN, J.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; THIERRY, L.; MANGA, M. A. Contribution of Coffea arabica genetic resources to the adaptation of coffe to abiotic stress. F1 hybrids in Brazil, Cameron and French Guiana. First results. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFE SCIENCE, 26., 2016, China. The programm & abstrcets... China: Asic, 2016. p. 180.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
|    |
| 2. | | SANT'ANA, G. C.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D.; FERREIRA, R. V.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Genomic regions related to altitude adaptation in Coffea arabica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
|  |
| 3. | | FERREIRA, R. V.; ANDRADE, G. A.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Identificação de novos acessos de Coffea Arábica introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 4. | | CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F.; SERA, G. H.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; MOUEN, J.; AUKOUMOU, M. M.; ANNEBIQUE, F.; LEROY, T. Adaptation of Coffea arabica F1 Hybrids to various environmental conditions. In: EUCARPIA GENETIC RESOURCES, 2017, Montpellier. Abstracts book... Montpellier: INRA, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 5. | | SCHOLZ, M. B. dos S.; KITZBERGER, C. S. G.; PEREIRA, L. F. P.; DAVRIEUX, F.; POT, D.; CHARMETANT, P.; LEROY, T. Application of near infrared spectroscopy for green coffee biochemical phenotyping. Journal of Near Infrared Spectroscopy, v. 22, n. 6, p. 411-421, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 6. | | SCHOLZ, M. B. dos S.; KITZBERGER, C. S. G.; PAGIATTO, N. F.; PEREIRA, L. F. P.; DAVRIEUX, F.; POT, D.; CHARMETANT, P.; LEROY, T. Chemical composition in wild ethiopian Arabica coffee accessions. Euphytica, v. 209, n. 2 p. 429-438, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 7. | | VILLAIN, L.; SARAH, J. L.; HERNANDEZ, A.; CHARMETANT, P.; BERTRAND, B.; ANTHONY, F.; TOPART, P.; LASHERMES, P.; ANZUETO, F.; CARNEIRO, R. M. D. G. Biodiversity of root knot nematodes, Meloidogyne spp., on Coffee in Central America. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 8. | | VILLAIN, L.; SARAH, J. L.; HERNANDEZ, A.; CHARMETANT, P.; BERTRAND, B.; ANTHONY, F.; TOPART, P.; LASHERMES, P.; ANZUETO, F.; CARNEIRO, R. M. D. G. Biodiversity of root knot nematodes, meloidogyne spp., on coffee in Central America. INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 9. | | IVAMOTO, S. T.; POT, D.; CHARMETANT, P.; MARRACCINI, P.; FERREIRA, L. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes in Coffea arabica: biochemical aspects and transcriptional analysis of candidate cyps involved in cafestol and kahweol biosynthesis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 216| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 10. | | YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 11. | | PAGIATTO, N. F.; IVAMOTO, S. T.; SERA, T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D.; PEREIRA, L. F. P. Evaluation of kahweol and cafestol levels in Ethiopian Coffea arabica L. accessions grown in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 217| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 12. | | CHARMETANT, P.; ANDRADE, G.; FERREIRA, R.; MARRACCINI, P.; GUERA, A.; BARTOLO, G.; POT, D.; LEROY, T.; SERA, T.; PEREIRA, L. F. P. Phenotyping and genotyping genetic resources of Coffea arabica at IAPAR. FAO collection, preliminary results. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 221| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 13. | | CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 14. | | CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 15. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 16. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Coffee Science, Lavras, v. 10, n. 1, p.10-19, jan./mar. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 17. | | SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; FERREIRA, R. V.; SANTOS, M. A.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; ANDROCIOLI, L. G.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; CHARMETANT, P.; SERA, G.; PEREIRA, L. F. P. Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 18. | | YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 19. | | SILVA, B. S. R. da; SANT'ANA, G. C.; CHAVES, C. L.; ANDROCIOLI, L. G.; FERREIRA, R. V.; SERA, G. H.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; POT, D.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Population structure and genetic relationships between Ethiopian and Brazilian Coffea arabica genotypes revealed by SSR markers. Genetica, v. 147, n. 2, p. 205–216, April 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 20. | | LEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de. Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 7, p. 781-798, 2011| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| Registros recuperados : 22 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
